Подобные соглашения у детского морского центра есть с Петербургским госуниверситетом морского и речного флота им. адмирала Макарова, Балтийским высшим военно-морским училищем имени Ушакова и Черноморским высшим военно-морским ордена Красной звезды училищем имени Нахимова.
Также межведомственное сотрудничество налажено с рядом общественных организаций. Совместно с "Молодежной Морской Лигой" костромские юнги участвуют в кругосветных плаваниях, проходят практику на парусных судах "Крузенштерн" и "Паллада", а также на шхуне и гичках в Петербурге. Ежегодно костромичи принимают участие во Всероссийских сборах юных моряков в "Артеке", "Смене" и других молодежных площадках. Тесно сотрудничают с ветеранами Соловецкой школы юнг.
